سازمان اوقاف در این موارد پس از تشخیص و شناسایی موقوفات عام فاقد متولی یا مجهول التولیه، شخص یا هیاتی از اشخاص متدین و معروف به امانت به عنوان امین و هیات امناء برای اداره و نگهداری آن تعیین می‌کند.
امین یا امناء مذکور با توجه به خصوصیات و اقتضای موقوفات ممکن است مرکب از دو تا پنج نفر باشند که از بین افراد معروف به امانت و متدین و متعهد که دارای شرایط ذیل باشند:
۱- مقیم بودن در محل موقوفه
۲- با سواد
۳- توانایی انجام امور محوله مربوط به موقوفه
۴- داشتن حداقل ۲۵ سال سن
برای مدت سه سال انتخاب و به حکم ریاست سازمان ، به عنوان متولی موقوفه منصوب می‌گردند و تجدید انتخاب آنان بلا مانع است[۱۷۴]. حتی میتوان گفت تجدید انتخاب آنان به لحاظ آشنایی با انجام امور موقوفه به صلاح و مصلحت وقف خواهد بود. در صورتی که هیئت امنا برای اداره موقوفه تعیین شود ، امنا در اولین جلسه از بین خود یک نفر را به عنوان رئیس ، یک نفر مسئول امور مالی، یک نفر منشی انتخاب نموده و به اداره اوقاف وامور خیریه محل موقوفه معرفی خواهند کرد. امین یا امناء که برای موقوفات فاقد متولی انتخاب می‌شوند موظفند بر طبق مقررات و وظایفی که قانوناً بر عهده متولی است و حسب مفاد وقفنامه و در صورت فقدان آن بر طبق سیره جاریه[۱۷۵] انجام وظیفه نمایند. از جمله وظایف امین یا هیئت امناء میتوان به مراقبت کامل در حفظ عین موقوفه، نگهداری اموال منقول و ثبت آن ها با مشخصات کامل در دفاتر مربوطه، وصول مطالبات موقوفه از بدهکاران و…. اشاره نمود. حق الزحمه امین و هیات موقوفه با در نظر گرفتن عواید و میزان کار، به وسیله سازمان تعیین می‌شود و در هیچ مورد مجموع پرداختی نباید از نصف حق التولیه مقرر در وقفنامه تجاوز نماید. در صورتی که در وقفنامه حق التولیه مشخص نشده یا اصلاً وقفنامه ای وجود نداشته باشد ،حق التولیه به مقدار اجرت المثل از عایدات خالص موقوفه خواهد بود[۱۷۶]. سازمان اوقاف و امور خیریه بر کلیه اعمال امین و هیئت امنا نظارت کامل دارد.که منظور از نظارت کامل بر اعمال امنا نظارت استصوابی سازمان است، یعنی امنا باید کلیه امور را قبل از اقدام به تأیید و تصویب سازمان برسانند.
حال در این قسمت موارد تصدی و نظارت سازمان اوقاف را مورد بحث و بررسی قرار می‌دهیم.
گفتار نخست: موارد تصدی و لزوم دخالت اداره اوقاف و امور خیریه
بند نخست: وجود اختلاف بین متولی و موقوف علیهم
یکی از موارد دخالت سازمان اوقاف در امور موقوفه خاص زمانی است که فی مابین متولی موقوفه از یک طرف و موقوف علیهم از طرف دیگر یا بین موقوف علیهم اختلاف بروز نماید و رفع اختلاف متوقف بر دخالت سازمان باشد.
قانون اوقاف و آیین اجرای آن در تعیین نوع اختلاف که متوقف بر دخالت سازمان باشد ساکت است.
نظر به اینکه موقوفات خاص دارای متولی بوده و اصل بر تولیت وی در امور موقوفه می‌باشد ، لذا دخالت سازمان یک امر استثنایی است. به نظر می‌رسد که سازمان اوقاف زمانی موظف به دخالت است که اختلاف بین متولی و موقوف علیهم یا بین موقوف علیهم به حدی باشد که امور رسیدگی و نگهداری موقوفه تعطیل گردد و بیم اتلاف عین موقوفه وسفک دماء بین موقوف علیهم وجود داشته باشد نه اینکه یک اختلاف جزئی مثلاً در شیوه انجام کار و امثال آن[۱۷۷]. این ابهام قانون ، دست سازمان اوقاف را جهت تصدی امور موقوفه خاص با کوچک‌ترین اختلافی باز داشته است که به نظر می‌رسد باید اصلاح گردد و مصادیق لزوم دخالت آن بیان گردد.
حال این سئوال مطرح است که دخالت سازمان به چه نحوی خواهد بود؟ آیا متولی را عزل می کند و خود اداره و تصدی موقوفه را بر عهده خواهد داشت؟یا اینکه بر متولی ضم امین نموده و نظارت و مراقبت خواهد نمود؟ ماده ۵ آیین اجرایی قانون تشکیلات اوقاف و امور خیریه در این خصوص اشعار می‌دهد : «در موقوفات خاص، در صورت بروز اختلاف بین متولی و موقوف علیهم و یا بین موقوف علیهم و… باید موضوع به مرکز (سازمان) گزارش تا با تأیید سرپرست سازمان حسب مورد نظرات و یا امور موقوفه موقتاً و تا رفع موانع به وسیله اداره اوقاف و امور خیریه یا امین یا هیات امنای منتخب سازمان و با رعایت مفاد وقفنامه نظیر موقوفات متصرفی‌اداره می‌شود .»
حال این سئوال مطرح می‌شود که سازمان در چه مواردی نظارت و در چه مواردی تصدی و اداره موقوفه را عهده دار خواهد شد؟
قانون تشکیلات اوقاف و امور خیریه صرفاً با تعیین امین یا هیئت امنا به عنوان ناظر بر متولی نظارت خواهد داشت. چرا که متولی منصوب از جانب واقف حتی در صورت خیانت به وسیله حاکم نیز قابل عزل نمی‌باشد. پس به طریق اولی در صورت بروز اختلاف، با حکم حاکم یا سازمان اوقاف عزل نخواهد گردید. نظارت سازمان در اینگونه موارد به صورت استصوابی است چرا که در اینصورت هدف نظارت که همان رفع اختلاف باشد بهتر تامین می‌گردد. اما در صورتی که شخص متولی غیر منصوب باشد نماینده ولی فقیه (ریاست سازمان) بدون حکم مراجع قضایی راساً اقدام به ممنوع المداخله کردن متولی موصوف نموده و سازمان اوقاف و امور خیریه تولیت موقوفه را تا رفع مانع و اختلاف عهده دار خواهد شد.
بند دوم : وجود مصلحت وقف و بطون لاحقه
یکی دیگر از موارد دخالت سازمان اوقاف در امور موقوفه خاص در صورتی است که مصلحت وقف و بطون لاحقه موقوف علیهم ، لزوم دخالت سازمان را ایجاب نماید. به تصریح ماده ۴ آیین نامه اجرای قانون تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف ، منظور از رعایت مصلحت وقف و موقوف علیهم لاحق، در اجرای قسمت اخیر بند ۱ ماده قانون مذکور[۱۷۸] ، در موقوفات خاص حسب مورد نظارت یا دخالت سازمان، ناظر به موارد ذیل خواهد بود:
۱- فروش موقوفه و نحوه تبدیل آن که باید با نظارت سازمان انجام گیرد.
۲- نصب و عزل امنا منصوب از طرف سازمان اوقاف.
۳- اجاره بیش از ده سال و ….
۴- ارجاع اختلاف و دعاوی به داوری و انتخاب داور یا داوران .
۵- فروش موقوفه و نحوه تبدیل آن که باید با نظارت سازمان انجام گیرد.
در چنین مواردی سازمان اوقاف و امور خیریه جهت رعایت مصلحت وقف و موقوف علیهم لاحقه حسب مورد دخالت و نظارت خواهد نمود.
حال این سئوال مطرح می‌شود که سازمان اوقاف و امور خیریه در چه موقوفاتی نظارت یا تصدی امور را بر عهده خواهدگرفت؟
